Pada hari Sabtu, tanggal 27 Maret 2021 telah dilakukan penganugerahan Doktor Kehormatan (Honoris Causa) kepada Letjen. Doni Monardo setelah melalui proses penilaian selama satu tahun atas kinerja dan dedikasinya selama ini terhadap pengelolaan sumberdaya alam dan Lingkungan. Berdasarkan keputusan Senat Akademik Institut Pertanian Bogor 21/IT3.SA/PP/2020 tentang Persetujuan Pemberian Gelar Doktor Kehormatan (Doktor Honoris Causa) kepada Letjen TNI Doni Monardo dalam bidang Ilmu Pengelolaan Sumberdaya Alam dan Lingkungan. Dalam acara penganugerahan tersebut, Letjen Doni Monardo memberikan orasi ilmiah dengan judul “Model Tata Kelola Sumberdaya Alam dan Lingkungan”.